No sé cómo firmar un documento

Los certificados digitales, se utilizan para autenticarse y para firmar de manera online o documentos como los de extensión PDF. Aunque también, dependiendo de la herramienta de firma que se escoja, puede firmar otros formatos.

Cada marca de herramienta de firma tiene su propia configuración, por ejemplo, el aspecto de la firma, la posibilidad de posicionar la firma en un lugar específico del documento, la aternativa de poder enviarte una copia o agregar notas. 
Existen muchas herramientas de firma en el mercado, como Gosign (de Camerfirma), que puedes descargarla desde este enlace: Gosign Desktop - FREE
La versión gratuita te permite firmar y verificar una firma.

Todas las herramientas necesitan que el certificado esté reconocido en el equipo o que esté importado en la propia herramienta (sólo para formatos SW o de nube)